История группы началась с выпуска одноимённого дебютного альбома в 1992 году. Однако успех к коллективу пришёл в полной мере четыремя годами позже - с выпуском в 1996 году альбома Bringing Down the Horse. Синглы «One Headlight» и «6th Avenue Heartache» стали хитами. Позднее группа записала кавер-версию хита Девида Боуи «Heroes», ставшую саундтреком к кинофильму Годзилла.

Третий по счёту студийный альбом группы Breach вышел в свет в 2000 году, поплнив список синглов группы хитами «Sleepwalker» и «Letters from the Wasteland».

В ноябре 2002 года группа выпустила свой четвёртый альбом Red Letter Days, получившийся по своему содержанию немного жёстче, чем прежние альбомы Wallflowers. Отличительной характеристикой альбома является тот факт, что бо́льшую часть гитарных партий сыграл Джейкоб Дилан.

В мае 2005 года группа представила на данный момент их последний альбом Rebel, Sweatheart.