Штефан Айхер родился 17 августа 1960 года в городке Мюнхенбухзее, расположенном в немецко-говорящем регионе Швейцарии. Отец, имевший цыганские корни, был талантливым скрипачом, оба брата Штефана тоже были музыкантами. Когда ему исполнилось 11, отец отправил мальчика учиться в интернат, славившийся своими альтернативными методами воспитания и обучения; мальчику школа очень нравилась, и он с удовольствием занимался языками и литературой. Закончив учебу, Штефан отправился в Цюрих и поступил в художественную школу, где постигал азы компьютерного и видео- дизайна и изучал историю искусств.

В 17 лет он начал выступать со своей первой группой Les Noise Boys, которую покинул через два года, чтобы основать вместе с младшим братом собственный «техно-панк» проект Grauzone, дебютный сингл которого «Eisbear» оказался неожиданно успешным, разойдясь в Германии и Швейцарии полумиллионным тиражом.

В начале 80х Штефан уезжает учиться в Италию, а по возвращении отправляется в турне по Франции и Германии с группой Lilliput, примерно тогда же познакомившись с Мартином Хессом, который стал его менеджером и помог начать сольную карьеру. Дебютиров мини-альбомом «Les filles du Limmatquai», спродюссированным самостоятельно, Айхер начал работу над полнометражной пластинкой «Chansons bleues», которая появилась в 1983 году. Во второй половине 80х певец записывает три альбома: «I Tell This Night» (1985),»Silence» (1987) и «My Place» (1989), в котором окончательно отходит от привычного электронного звучания, записав даже несколько треков со струнной секцией и начав сотрудничать с Филиппом Джианом, автором знаменитого романа «37°2», по которому был снят фильм «Betty Blue». В 1991 году выходит «Engelberg», записанный в одноименном швейцарском курортном местечке и вклбючавший в себя песни на трех языках-английском, французском и немецком, а так же трек «Hemmige», исполненный на бернском диалекте. Альбом оказался очень коммерчески успешным и разошелся двухмиллионным тиражом. «Carcassonne», появившийся два года спустя, записывался в старинном южно-французском городке с тем же названием. При работе над ним Айхер использовал средневековые музыкальные инструменты.

Вторая половина 90х отмечена для Айхера интенсивными гастролями в Европе и Северной Африке, релизом концертника «Non ci badar, guarda e passa» и двух студийных альбомов: «1000 vies» и «Louanges». В июле 2001 года Штефан Айхер выступил на фестивале в Монтрё в сопровождении цыганского трио, струнного квартета «Kaos» и оркестра. Чуть позже вышел сборник «Hotels», включающий как классический репертуар певца, так и редкие версии некоторых песен. В марте 2002 Айхер написал музыку к фильму его друга Антуана де Кона «Monsieur N».